1. Sekretariat Daerah Kabupaten Madiun
   • Bagian Administrasi Pemerintahan
   • Bagian Hukum
   • Bagian Pengadaan Barang/Jasa
   • Bagian Administrasi Pembangunan
   • Bagian Kesejahteraan Rakyat
   • Bagian Perekonomian dan SDA
   • Bagian Umum
   • Bagian Organisasi
   • Bagian Protokol dan Komunikasi Pimpinan
2. Sekretariat DPRD
3. Inspektorat
4. Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil
5. Dinas Kesehatan
6. Dinas Komunikasi dan Informatika
7. Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang
8. Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa
9. Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu
10. Dinas Pendidikan dan Kebudayaan
11. Dinas Perumahan dan Kawasan Pemukiman
12. Dinas Sosial
13. Dinas Tenaga Kerja
14. Dinas Ketahanan Pangan dan Peternakan
15. Dinas Lingkungan Hidup
16. Dinas Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana,  Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak
17. Dinas Perhubungan
18. Dinas Perdagangan, Koperasi dan Usaha Mikro
19. Dinas Pariwisata, Pemuda dan Olahraga
20. Dinas Perpustakaan dan Kearsipan
21. Dinas Pertanian dan Perikanan
22. Badan Pendapatan Daerah
23. Badan Penanggulangan Bencana Daerah (BPBD)
24. Badan Perencanaan Pembangunan Daerah (BAPPEDA)
25. Badan Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah (BPKAD)
26. Badan Kepegawaian Daerah (BKD)
27. Badan Kesatuan Bangsa dan Politik Dalam Negeri
28. Satuan Polisi Pamong Praja
29. Rumah Sakit Umum Daerah Caruban
30. Rumah Sakit Umum Daerah Dolopo